| 软件名称 |
软件简介 |
学科分类 |
| MrBayes |
MrBayes is a program for Bayesian inference and model choice across a wide range of phylogenetic and evolutionary models. MrBayes uses Markov chain Monte Carlo (MCMC) methods to estimate the posterior distribution of model parameters. 官网:http://mrbayes.sourceforge.net/ |
生物进化 |
| NAMD |
NAMD（NAnoscale Molecular Dynamics) and VMD (Visual Molecular Dynamics)是由美国伊利诺伊大学厄巴纳－香槟分校理论与计算生物物理学研究组开发的一套广为应用的并行分子动力学模拟软件，是主要用来研究大分子体系的高性能分子模拟软件。分子动力学通过对经典运动方进行数值积分,以获得有限粒子体系的运动轨迹。VMD主要用于搭建初始原子模型和分子动力学模拟的后期分析；NAMD主要用于实现生物体系的分子动力学模拟，可以在高端服务器的几十万个处理器上进行高性能并行计算，并行效率高，适用于处理大分子体系。官网：http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ |
分子模拟 |
| NWChem |
NWChem软件是运行在高性能并行超级计算机和工作站集群上的开源大规模并行计算化学软件。该软件使用标准量子力学方法描述电子波函数或密度，计算分子和周期性系统的特性，还可进行经典分子动力学和自由能模拟。官网：
http://www.nwchem-sw.org/index.php/Main_Page |
量子化学 |
| OpenFOAM |
OpenFOAM是一个完全由C++编写的面向对象的CFD类库，采用类似于我们日常习惯的方法在软件中描述偏微分方程的有限体积离散化，支持多面体网格（比如CD-adapco公司推出的CCM+生成的多面体网格），因而可以处理复杂的几何外形，其自带的snappyHexMesh可以快速高效的划分六面体+多面体网格，网格质量高。支持大型并行计算。 |
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| OpenMP |
OpenMP方式编译程序。OpenMP是用于共享内存并行系统的多线程程序设计的一套编译指令，支持的编程语言包括C语言、C++和Fortran。OpenMP提供了对并行算法的高层的抽象描述，程序员通过在源代码中加入专用的pragma来指明自己的意图，由此编译器可以自动将程序进行并行化，并在必要之处加入同步互斥以及通信。OpenMP也提供了更强的灵活性，可以较容易的适 应不同的并行系统配置。 |
编译器 |
| PGAP |
PGAP（Pan-Genomes Analysis Pipeline） 是一款用于原核生物泛基因组学分析的自动化软件。PGAP软件可以用于研究细菌的演化分析、探索病原菌致病机制、流行病学研究等等。 |
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| pgi_compiler |
PGI编译器。PGI编译是由Portland公司开发的编译器，支持AMD和Intel等处理器，可用于Linux和Windows等平台，支持C/C++,Fortran77、90和95等编程语言，支持多线程和OpenMP。另外，PGI编译器集成了全局优化，矢量化，软件流水，和共享内存并行化，配置文件反馈优化技术以及生成异构并行代码生成的能力等功能。 |
编译器 |
| PhyML |
PhyML is a software that estimates maximum likelihood phylogenies from alignments of nucleotide or amino acid sequences. The main strength of PhyML lies in the large number of substitution models coupled to various options to search the space of phylogenetic tree topologies, going from very fast and efficient methods to slower but generally more accurate approaches. PhyML was designed to process moderate to large data sets. In theory, alignments with up to 4,000 sequences 2,000,000 character-long can be processed. 管网：https://github.com/stephaneguindon/phyml/ |
生物进化 |
| Q-Chem |
Q-Chem电子结构从头计算程序，可以对分子的基态和激发态进行第一定律计算。Q-Chem is a comprehensive ab initio quantum chemistry package for accurate predictions of molecular structures, reactivities, and vibrational, electronic and NMR spectra. The new release of Q-Chem 4 represents the state-of-the-art of methodology from the highest performance DFT/HF calculations to high level post-HF correlation methods官网：http://www.q-chem.com/ |
量子化学 |
| QuantumEspresso |
ESPRESSO意为“op(E)n (S)ource (P)ackage for (R)esearch in (E)lectronic (S)tructure, (S)imulation, and (O)ptimization”。Quantum-ESPRESSO软件包基于密度泛函理论，使用平面波基组和赝势。官网：http://www.quantum-espresso.org/ |
量子化学 |
