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软件名称 软件简介 学科分类
Abinit ABINIT程序包是基于密度泛含理论(Density Functional Theory, DFT),采用赝势和平面波基矢的方法来处理由电子和核所组成的体系(分子和具有周期性结构的固体),它可以计算体系的总能、电荷密度以及电子结构。 ABINIT也可以按H-F力和压力来优化体系的几何结构,或进行根据这些力进行分子动力学模拟或计算得到动力学矩阵、Born有效电荷及介电张量。在含 时密度泛含理论的框架下可以计算分子体系的激发态,也可以基于多体微扰论(GW近似)来处理激发态。另外,除了ABINIT的主要计算模块外,程序包也提 供了一些不同的工具模块用来处理计算结果和数据。 官网:http://www.abinit.org/ 量子化学
CASTEP CASTEP(Cambridge Sequential Total Energy Package 的缩写)是一个基于密度泛函方法的从头算量子力学程序,典型的应用包括表面化学,键结构,态密度和光学性质等研究, CASTEP也可用于研究体系的电荷密度和波函数的3D形式。 量子化学
CHARMM CHARMM是一个被广泛承认并应用的分子动力学模拟程序,用于生物大分子的模拟,包括能量最小化, 分子动力学和蒙特卡罗模拟等。程序采用由哈佛大学的Martin Karplus教授建立的CHARMM力场,可以为用户提供处理各种小分子、大分子(包括蛋白质、核酸和糖)的经验化能量计算。官网: http://www.charmm.org/ 分子模拟
Discovery Studio Discovery Studio(简称DS),基于Windows/Linux系统,面向生命科学领域的新一代分子建模和模拟环境。它服务于生命科学领域的实验生物学家、药物化学家、结构生物学家、计算生物学家和计算化学家,应用于蛋白质结构功能研究,以及药物发现。为科学家提供易用的蛋白质模拟、药物的设计与优化工具。通过高质量的图形界面、经多年验证的科学算法以及集成的环境,DS将实验数据的保存、管理与专业水准的建模、模拟工具集成在一起,为研究队伍的合作与信息共享提供平台。
Gaussian 半经验计算和从头计算使用最广泛的量子化学软件。Gaussian软件是目前计算化学领域内最流行、应用范围最广的综合性量子化学计算程序包。它最早是由美国卡内基梅隆大学的约翰·波普(John. A. Pople, 1998年诺贝尔化学奖获得者)在60年度末、70年代初主导开发的。Gaussian软件基于量子力学而开发,它致力于把量子力学理论应用于实际问题,它可以通过一些基本命令验证和预测目标体系几乎所有的性质。此外,可视化软件GaussView的发布及计算机的快速发展更是大大降低了理论计算的门槛,使得各领域研究者能够轻松使用Gaussian研究和分析各种科学问题。官网:http://www.gaussian.com/ 量子化学
sw_compiler 神威系统编译器。编译器,是将便于人编写,阅读,维护的高级计算机语言翻译为计算机能解读、运行的低阶机器语言的程序。根据不同的体系结构和操作系统,需要提供通用或专门的编译器。该编译器针对神威系统进行了定制和优化。 编译器
swmpi 神威系统MPI并行编译程序。MPI(Message Passing Interface)是消息传递并行程序设计的标准和编程模型,支持多种编程语言,主要用于高性能计算机的程序并行化,负责进程之间的通信。该MPI针对神威系统进行了定制和优化。 编译器
VASP >VASP是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。它是目前材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商用软件之一。VASP通过近似求解Schr?dinger方程得到体系的电子态和能量,既可以在密度泛函理论(DFT)框架内求解Kohn-Sham方程(已实现了混合(hybrid)泛函计算),也可以在Hartree-Fock(HF)的近似下求解Roothaan方程。此外,VASP也支持格林函数方法(GW准粒子近似,ACFDT-RPA)和微扰理论(二阶M?ller-Plesset)。 量子化学
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