| 软件名称 |
软件简介 |
学科分类 |
| AMBER |
Amber是著名的分子动力学软件，用于蛋白质、核酸、糖等生物大分子的计算模拟。Amber也指一种经验力场(empirical force fields)。 力场和代码是分开的， 一些软件中包含amber力场, 而其他的力场也包含在此amber的软件中。AMBER提供两部分内容：用于模拟生物分子的一组分子力学力场（无版权限制，也用于其它一些模拟程序中）；分子模拟程序软件包，包含源代码和演示（有版权限制，需要购买）。官网：http://ambermd.org/ |
分子模拟 |
| Abinit |
ABINIT程序包是基于密度泛含理论（Density Functional Theory, DFT），采用赝势和平面波基矢的方法来处理由电子和核所组成的体系（分子和具有周期性结构的固体），它可以计算体系的总能、电荷密度以及电子结构。 ABINIT也可以按H-F力和压力来优化体系的几何结构，或进行根据这些力进行分子动力学模拟或计算得到动力学矩阵、Born有效电荷及介电张量。在含 时密度泛含理论的框架下可以计算分子体系的激发态，也可以基于多体微扰论（GW近似）来处理激发态。另外，除了ABINIT的主要计算模块外，程序包也提 供了一些不同的工具模块用来处理计算结果和数据。 官网：http://www.abinit.org/ |
量子化学 |
| CASTEP |
CASTEP（Cambridge Sequential Total Energy Package 的缩写）是一个基于密度泛函方法的从头算量子力学程序，典型的应用包括表面化学，键结构，态密度和光学性质等研究， CASTEP也可用于研究体系的电荷密度和波函数的3D形式。 |
量子化学 |
| CHARMM |
CHARMM是一个被广泛承认并应用的分子动力学模拟程序，用于生物大分子的模拟，包括能量最小化，
分子动力学和蒙特卡罗模拟等。程序采用由哈佛大学的Martin Karplus教授建立的CHARMM力场，可以为用户提供处理各种小分子、大分子（包括蛋白质、核酸和糖）的经验化能量计算。官网：
http://www.charmm.org/ |
分子模拟 |
| Discovery Studio |
Discovery Studio（简称DS），基于Windows/Linux系统，面向生命科学领域的新一代分子建模和模拟环境。它服务于生命科学领域的实验生物学家、药物化学家、结构生物学家、计算生物学家和计算化学家，应用于蛋白质结构功能研究，以及药物发现。为科学家提供易用的蛋白质模拟、药物的设计与优化工具。通过高质量的图形界面、经多年验证的科学算法以及集成的环境，DS将实验数据的保存、管理与专业水准的建模、模拟工具集成在一起，为研究队伍的合作与信息共享提供平台。 |
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| Gaussian |
半经验计算和从头计算使用最广泛的量子化学软件。Gaussian软件是目前计算化学领域内最流行、应用范围最广的综合性量子化学计算程序包。它最早是由美国卡内基梅隆大学的约翰·波普（John. A. Pople, 1998年诺贝尔化学奖获得者）在60年度末、70年代初主导开发的。Gaussian软件基于量子力学而开发，它致力于把量子力学理论应用于实际问题，它可以通过一些基本命令验证和预测目标体系几乎所有的性质。此外，可视化软件GaussView的发布及计算机的快速发展更是大大降低了理论计算的门槛，使得各领域研究者能够轻松使用Gaussian研究和分析各种科学问题。官网：http://www.gaussian.com/ |
量子化学 |
| sw_compiler |
神威系统编译器。编译器，是将便于人编写，阅读，维护的高级计算机语言翻译为计算机能解读、运行的低阶机器语言的程序。根据不同的体系结构和操作系统，需要提供通用或专门的编译器。该编译器针对神威系统进行了定制和优化。 |
编译器 |
| swmpi |
神威系统MPI并行编译程序。MPI（Message Passing Interface）是消息传递并行程序设计的标准和编程模型，支持多种编程语言，主要用于高性能计算机的程序并行化，负责进程之间的通信。该MPI针对神威系统进行了定制和优化。 |
编译器 |
| VASP |
>VASP是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。它是目前材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商用软件之一。VASP通过近似求解Schr?dinger方程得到体系的电子态和能量，既可以在密度泛函理论（DFT）框架内求解Kohn-Sham方程(已实现了混合（hybrid）泛函计算)，也可以在Hartree-Fock（HF）的近似下求解Roothaan方程。此外，VASP也支持格林函数方法（GW准粒子近似，ACFDT-RPA）和微扰理论（二阶M?ller-Plesset）。 |
量子化学 |
