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软件名称 软件简介 学科分类
Abinit ABINIT程序包是基于密度泛含理论(Density Functional Theory, DFT),采用赝势和平面波基矢的方法来处理由电子和核所组成的体系(分子和具有周期性结构的固体),它可以计算体系的总能、电荷密度以及电子结构。 ABINIT也可以按H-F力和压力来优化体系的几何结构,或进行根据这些力进行分子动力学模拟或计算得到动力学矩阵、Born有效电荷及介电张量。在含 时密度泛含理论的框架下可以计算分子体系的激发态,也可以基于多体微扰论(GW近似)来处理激发态。另外,除了ABINIT的主要计算模块外,程序包也提 供了一些不同的工具模块用来处理计算结果和数据。 官网:http://www.abinit.org/ 量子化学
ADF ADF基于密度泛函理论(DFT),主要应用于量子化学计算。广泛应用于医药化学,材料学等研究及应用领域。特别应用于同类和异类催化,无机化学,重元素化学,生物化学及多种光谱学。包括分子ADF程序,周期结构程序BAND(专门用于计算周期性体系晶体,聚合物等)和图形用户界面程序ADF-GUI(可以在图形界面下创建ADF计算任务和图形显示结果)。相关网站:http://www.scm.com/ 量子化学
AMBER Amber是著名的分子动力学软件,用于蛋白质、核酸、糖等生物大分子的计算模拟。Amber也指一种经验力场(empirical force fields)。 力场和代码是分开的, 一些软件中包含amber力场, 而其他的力场也包含在此amber的软件中。AMBER提供两部分内容:用于模拟生物分子的一组分子力学力场(无版权限制,也用于其它一些模拟程序中);分子模拟程序软件包,包含源代码和演示(有版权限制,需要购买)。官网:http://ambermd.org/ 分子模拟
ARCpilot-ATLAS ATLAS是一个全球合作的高能物理实验,位于欧洲核子物理研究中心的大型强子对撞击LHC上,于2012年发现了“上帝粒子”,证明了物质质量的起源。对Athena(ATLAS离线物理模拟和分析软件)进行多核改进,并采用了ROW(Read on Write)方式的共享内存方式。跟传统单核方式相比,这种多核方式节省了50%的内存。 高能物理
BEAST BEAST is a cross-platform program for Bayesian MCMC analysis of molecular sequences. It is entirely orientated towards molecular clock analyses. Although it can be used as a method of constructing phylogenies it is particularly intended for testing evolutionary hypotheses without conditioning on a single tree topology. BEAST uses MCMC to average over tree space, so that each tree is weighted proportional to its posterior probability. It uses a complex input format that allows the user to design and run a large range of models. We also include a program that can convert NEXUS files into this format. 官网:http://beast.bio.ed.ac.uk/ 生物进化
CHARMM CHARMM是一个被广泛承认并应用的分子动力学模拟程序,用于生物大分子的模拟,包括能量最小化, 分子动力学和蒙特卡罗模拟等。程序采用由哈佛大学的Martin Karplus教授建立的CHARMM力场,可以为用户提供处理各种小分子、大分子(包括蛋白质、核酸和糖)的经验化能量计算。官网: http://www.charmm.org/ 分子模拟
CP2K CP2K是一款著名的从头算分子动力学软件。和CPMD很像,CP2K也是基于密度泛函理论(DFT),但可以计算更大的体系。CP2K采用多种交换关联势。 主要用来研究计算固态、液体、分子和生物体系的原子和分子模拟。P2K也具有相对不错的扩展性,是相关研究人员的得力助手。官网:http://www.cp2k.org/ 分子模拟
CPMD CPMD是由IBM公司和马克斯-普朗克研究中心共同开发的一款用于对分子、原子和材料等研究的大型从头算模拟软件。对于非赢利的学术机构是可以免费提供源代码的,而对于商业组织则需要像IBM公司申请许可。CPMD可以用来计算孤立体系和周期性边界(晶体等)体系的物理、化学性质;可以对体系做几何优化并寻找化学反应过渡态;还可以计算体系的激发态性质。因此,CPMD是一款功能强大的从头算科学模拟软件,广泛使用在材料物理、化学、大分子生物学的研究上。官网:http://www.cpmd.org/ 分子模拟
cuda_compiler CUDA(Compute Unified Device Architecture),是显卡厂商NVIDIA推出的运算平台。 CUDA?是一种由NVIDIA推出的通用并行计算架构,该架构使GPU能够解决复杂的计算问题。 它包含了CUDA指令集架构(ISA)以及GPU内部的并行计算引擎。 编译器
DL_POLY DL_POLY is a general purpose classical molecular dynamics (MD) simulation software developed at Daresbury Laboratory by I.T. Todorov and W. Smith. 官网:http://www.stfc.ac.uk/SCD/44516.aspx 分子模拟
DOCK DOCK是Kuntz研究小组发展的分子对接程序,可能是目前应用最为广泛的分子对接程序之一。DOCK可以自动地模拟配体分子在受体活性位点的作用情况,并把理论预测最佳的方式记录下来。而且该方法能够对配体的三维结构数据库进行自动搜索,因此被广泛应用于基于受体结构的数据库搜索的药物设计中,并取得了巨大的成功。 分子对接
EspressoMD Espresso是软物质分子动力学模拟程序,以计算静电相互作用见长。 ESPRESSO是一个高度通用的,进行和分析粗粒度原子模型或珠簧模型(因为它们常用于物理、化学以及分子生物学领域中的软物质研究)的分子动力学软件包。该软件可以被用来模拟诸如聚合物,液晶,胶体,铁磁流体和生物系统的系统(如DNA和脂质膜)。ESPRESSO是GNU通用公共许可证(GPL)下发布的免费的开源软件。该软件是并行的,可以在台式机上、数百个CPU集群,也包括超级计算机。并行代码是通过脚本语言TCL控制,使该软件具有较大的灵活性。官网:http://espressomd.org/ 分子模拟
fluent Fluent是目前国际上比较流行的商用CFD软件包,在美国的市场占有率为60%,凡是和流体、热传递和化学反应等有关的工业均可使用。它具有丰富的物理模型、先进的数值方法和强大的前后处理功能,在航空航天、汽车设计、石油天然气和涡轮机设计等方面都有着广泛的应用。 工业设计
GAMESS 从头计算量子化学程序。可以从RHF,ROHF,UHF,GVB和MCSCF计算波函,其中一些使用CI和MP2修正。自恰场的解析梯度用于自动几 何优化,过渡态寻找,跟踪反应路径。能量hessian的计 算允许预测振动频率。可以计算大量的分子特性,从简单的偶极矩到含频率超级极化率。内部储存了大量基组和有效芯势,分子中可以包含到Ra的所有元素。几个图形程序用于显示最终结果。支持并行计算。官网:http://www.msg.ameslab.gov/gamess/ 量子化学
gaussian 半经验计算和从头计算使用最广泛的量子化学软件。Gaussian软件是目前计算化学领域内最流行、应用范围最广的综合性量子化学计算程序包。它最早是由美国卡内基梅隆大学的约翰·波普(John. A. Pople, 1998年诺贝尔化学奖获得者)在60年度末、70年代初主导开发的。Gaussian软件基于量子力学而开发,它致力于把量子力学理论应用于实际问题,它可以通过一些基本命令验证和预测目标体系几乎所有的性质。此外,可视化软件GaussView的发布及计算机的快速发展更是大大降低了理论计算的门槛,使得各领域研究者能够轻松使用Gaussian研究和分析各种科学问题。官网:http://www.gaussian.com/ 量子化学
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