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软件名称 软件简介 学科分类
GROMACS GROMACS是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子,进行分子能量的最小化,分析构象等。它的模拟程序包包含GROMACS力场(蛋白质、核苷酸、糖等),研究的范围可以包括玻璃和液晶、到聚合物、晶体和生物分子溶液。GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件,其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。官网:http://www.gromacs.org/ 分子模拟
intel_compiler INTEL编译器,Intel 编译支持 IA-32、Intel 64、Itanium 2、Intel Atom 处理器和某些非 Intel 的兼容处理器(例如某些 AMD 处理器),适用于 IA-32 和 Intel 64 的 Intel C++ 编译器的主要特点是自动向量化器,它能够生成 SSE、SSE2 和 SSE3 的 SIMD 指令及其适用于 Intel 无线 MMX 和 MMX 2 的嵌入式变种。Intel Compiler 进一步支持 OpenMP 3.0 和适用于对称多处理的自动并行化。借助于 Cluster OpenMP 的附加能力,编译器还可为分布存储多处理根据 OpenMP 指示自动生成消息传递接口调用。 编译器
LAMMPS LAMMPS全称“大规模原子分子并行模拟器”,主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作。它可支持包括气态,液态或者固态相形态下、各种系综下、百万级的原子分子体系,支持多种势函数并具有良好的并行扩展性。官网:http://lammps.sandia.gov/ 分子模拟
migrate Migrate estimates population parameters, effective population sizes and migration rates of n populations, using genetic data. It uses a coalescent theory approach taking into account history of mutations and uncertainty of the genealogy. 生物进化
mpiBLAST The Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) finds regions of local similarity between sequences. The program compares nucleotide or protein sequences to sequence databases and calculates the statistical significance of matches. BLAST can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families. http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 生物比对
mpijob.intelmpi INTELMPI的MPI并行编译器。MPI(Message Passing Interface)是消息传递并行程序设计的标准和编程模型,支持多种编程语言,主要用于高性能计算机的程序并行化,负责进程之间的通信。INTELMPI是由intel公司提供的MPI编译器,一般对intel的CPU有较好的效果。 编译器
mpijob.mpich MPICH的MPI并行编译器。 MPI(Message Passing Interface)是消息传递并行程序设计的标准和编程模型,支持多种编程语言,主要用于高性能计算机的程序并行化,负责进程之间的通信。MPICH是由Argonne国家实验室和密西西比州立大学联合开发的MPI编译器,具有更好的可移植性。 编译器
mpijob.mvapich MVAPICH的MPI并行编译器。MPI(Message Passing Interface)是消息传递并行程序设计的标准和编程模型,支持多种编程语言,主要用于高性能计算机的程序并行化,负责进程之间的通信。MVAPICH2/MVAPICH支持 InfiniBand, 10GigE/iWARP及RDMA over Ethernet (RDMAoE)等高速网络技术。 编译器
mpijob.mvapich2 MVAPICH的MPI并行编译器。MPI(Message Passing Interface)是消息传递并行程序设计的标准和编程模型,支持多种编程语言,主要用于高性能计算机的程序并行化,负责进程之间的通信。MVAPICH2/MVAPICH支持 InfiniBand, 10GigE/iWARP及RDMA over Ethernet (RDMAoE)等高速网络技术。
mpijob.openmpi OpenMPI是一种高性能消息传递库,最初是作为融合的技术和资源从其他几个项目(FT- MPI, LA-MPI, LAM/MPI, 以及 PACX-MPI),它是MPI-2标准的一个开源实现,由一些科研机构和企业一起开发和维护。因此,OpenMPI能够从高性能社区中获得专业技术、工业技术和资源支持,来创建最好的MPI库。OpenMPI提供给系统和软件供应商、程序开发者和研究人员很多便利。易于使用,并运行本身在各种各样的操作系统,网络互连,以及一批调度系统。
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