与北京生命科学院黄牛老师合作。

 

计算生物学中的时间尺度

 

1.HIV-逆转录酶同药物分子相互作用过程中的构象变化

 

 HIV-逆转录酶是艾滋病病毒的关键酶，其构象变化与其功能及药物结合密切相关。

分子动力学模拟

蛋白质：~16,000原子

水溶液：~100,000原子

 

 

平均核数：128 core，8ns/day（深腾7000）

总机时：已完成6个计算工作，总共6.6年/core

 

工作总结：目前已经初步鉴定RT构象变化过程中的稳定中间态，进一步模拟正在进行。

 

 

 

2.流感病毒膜蛋白-血凝素侵染细胞时对构象变化的模拟及应用

研究目标：在原子水平揭示流感病毒侵入细胞的关键步骤中环境PH有道HA构象变化的分子机制，鉴定在HA构象变化过程中关键位点和中间亚稳定状态，从而寻找阻断HA构象变化的小分子抑制剂，设计全新的广谱抗流感病毒药物。

平均核数：256 core，运行~150 hours（深腾7000）

总机时：已完成15个计算工作，总共57年/core

     

工作总结：已鉴定环境PH诱导的HA构象变化起始阶段的分子开关，进一步模拟正在进行。

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