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蛋白质结构和功能的研究
文章来源:  |  发布时间:2010-05-31  |  【打印】 【关闭

与北京生命科学院黄牛老师合作。

 

计算生物学中的时间尺度

 

1.HIV-逆转录酶同药物分子相互作用过程中的构象变化

 

 HIV-逆转录酶是艾滋病病毒的关键酶,其构象变化与其功能及药物结合密切相关。

分子动力学模拟

蛋白质:~16,000原子

水溶液:~100,000原子

 

 

平均核数:128 core,8ns/day(深腾7000)

总机时:已完成6个计算工作,总共6.6年/core

 

工作总结:目前已经初步鉴定RT构象变化过程中的稳定中间态,进一步模拟正在进行。

 

 

 

2.流感病毒膜蛋白-血凝素侵染细胞时对构象变化的模拟及应用

研究目标:在原子水平揭示流感病毒侵入细胞的关键步骤中环境PH有道HA构象变化的分子机制,鉴定在HA构象变化过程中关键位点和中间亚稳定状态,从而寻找阻断HA构象变化的小分子抑制剂,设计全新的广谱抗流感病毒药物。

平均核数:256 core,运行~150 hours(深腾7000)

总机时:已完成15个计算工作,总共57年/core

     

工作总结:已鉴定环境PH诱导的HA构象变化起始阶段的分子开关,进一步模拟正在进行。

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