生物信息与计算化学社区

 

生物信息学社区

清华大学生物信息学社区旨在基于中国国家网格CNGrid,建设服务于生物信息学领域用户的专业社区,探究资源建设和使用的新模式,解决图形化软件共享、与CNGrid交互、资源接入、应用支持等方面的关键问题和技术,完成HnNn流感病毒分析、人类转录组数据整合等应用,最后形成一套行之有效的社区运行模式和管理机制。通过上述工作,扩大中国国家网格的用户群,增强中国国家网格的影响力,推动网格技术在中国、特别是在科学计算应用领域的进一步发展以及深度应用。

生物信息学社区预期提供的资源包括:

  • 6大类共24个生物信息学数据库;
  • 7大类共248种生物信息学软件;
  • 生物信息学公用知识资源,如国内外重要研究机构、研究项目的介绍等

 
生物信息学科学计算社区的体系结构
资源分类及列表
   
     
命令行作业提交界面
图形化软件的工作界面
     
 
   
通过网页查看作业状态
通过Corsair客户端查看作业运行结果  

 

计算化学社区

计算化学应用社区是基于中国国家网格、服务于计算化学领域用户的新型专业网络板块:提供计算资源使用的新模式;提供更多的资源接入;提供更多的计算化学应用支持。

计算化学应用社区的计算平台封装了15个化学软件应用服务,该平台提供基于Web的、便捷的超级计算服务,支持用户查看应用软件资源并提供作业提交、作管理、状态查询、文件下载及历史信息查看等功能。它为用户提供了使用web方式进入超级计算机上的计算使用环境,降低了超级计算资源的使用门槛,为用户无障碍地使用超级计算机提供了保障。

计算化学专业社区的学习交流系统包括知识库和FAQ两个主要部分,其中知识库包括专业软件介绍和使用说明的查看及下载、专业书籍介绍推荐及下载;FAQ部分包括常见问题即解答。

计算化学专业社区依托VLCC(计算化学虚拟实验室)汇集了来自的国内外的计算化学领域的多位专家学者,为用户提供及时准确的答疑解惑和学术交流平台。

2008计算化学与高性能计算学术研讨会由中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心计算化学虚拟实验室与中国科学院大连化学物理研究所共同主办,于2008年6月29日至7月3日在青岛召开。来自中国、美国、加拿大、英国、瑞士、澳大利亚、日本、新加坡、中国台湾等国家和地区近70名世界著名学者参加了本次大会。2009计算化学软件使用培训----由中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心、计算化学虚拟实验室、北京师范大学化学学院,于2009年12月21日至12月24日在北京联合举办。来自院内外研究所和高校的近50位学员参加此次培训。 面向全国各高校、研究所,针对目前计算化学领域中广泛应用的软件,开展了用户培训,推进计算化学软件的应用,提高学员运用计算手段进行计算化学科学研究的技能。

集成计算化学领域80%的主流应用资源;满足计算化学领域85%用户的使用需求;集成3 大类23 个计算软件工具;针对更多的应用单位进行培训。